Το Π.Μ.Σ στην «Προηγμένη Φυσικοθεραπεία» -“Master of Science in Advanced Physiotherapy”, λειτουργεί με τα διοικητικά όργανα που προβλέπει ο Ν. 3685/2008 για τις μεταπτυχιακές σπουδές. Συγκεκριμένα, αρμόδια Όργανα οργάνωσης και λειτουργίας του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι τα εξής :
Η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης (Γ.Σ.Ε.Σ.) του Τμήματος Φυσικοθεραπείας του Τ.Ε.Ι. Στερεάς Ελλάδας απαρτίζεται από τον πρόεδρο του Τμήματος Φυσικοθεραπείας, τα μέλη Ε.Π. της Γενικής Συνέλευσης του Τμήματος και δύο (2) εκπροσώπους των μεταπτυχιακών φοιτητών του Τμήματος. Η Γ.Σ.Ε.Σ. είναι αρμόδια για την κατάρτιση και εισήγηση προτάσεων για Π.Μ.Σ., τον ορισμό των μελών των συμβουλευτικών επιτροπών, των εξεταστικών επιτροπών, της συντονιστικής επιτροπής, την απονομή μεταπτυχιακών διπλωμάτων, τη συγκρότηση των επιτροπών επιλογής ή εξέτασης υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών, καθώς και για κάθε άλλο θέμα που προβλέπεται από επί μέρους διατάξεις.
Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ., απαρτίζεται από τέσσερα μέλη Ε.Π., κατά προτεραιότητα βαθμίδας Καθηγητή, του Τμήματος Φυσικοθεραπείας του Τ.Ε.Ι. Στερεάς Ελλάδας, τα οποία έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο και τα οποία ορίζονται από τη Γ.Σ.Ε.Σ. του Τμήματος Φυσικοθεραπείας και από τον Διευθυντή του Π.Μ.Σ. Η Σ.Ε. είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και το συντονισμό λειτουργίας του προγράμματος.
Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. προεδρεύει της Σ.Ε., ενώ ορίζεται με απόφαση της Γ.Σ.Ε.Σ. του Τμήματος Φυσικοθεραπείας του Τ.Ε.Ι. Στερεάς Ελλάδας, για διετή θητεία με δυνατότητα ανανέωσης και μπορεί να ασκεί τα καθήκοντα του με μερική απαλλαγή από τις διδακτικές του υποχρεώσεις μετά από απόφαση της Συνέλευσης του Ιδρύματος. Ο Διευθυντής ανήκει στη βαθμίδα του Καθηγητή ή του Αν. Καθηγητή και είναι του ιδίου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του Π.Μ.Σ. Ο Διευθυντής Μεταπτυχιακών Σπουδών, σε συνεργασία με την Σ.Ε., εισηγείται στη Γ.Σ.Ε.Σ. κάθε θέμα που αφορά στην αποτελεσματική εφαρμογή του Π.Μ.Σ. και αναπληρώνεται από τον Αναπληρωτή Διευθυντή, ο οποίος είναι μέλος της Σ.Ε. και ορίζεται από αυτήν. Ο Διευθυντής Μεταπτυχιακών Σπουδών ασκεί, αντίστοιχα, τα καθήκοντα και τις αρμοδιότητες που προβλέπονται για τον Πρόεδρο Τμήματος, στα πλαίσια του Μεταπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών. Ο ∆ιευθυντής είναι υπεύθυνος για την κατάρτιση, σε συνεργασία με την Επιτροπή Οικονομικής Διαχείρισης, του προϋπολογισμού του Προγράμματος, τον οποίο υποβάλλει προς έγκριση στη Γ.Σ.Ε.Σ., και στη συνέχεια στη Σ.Ε.Σ. Για την κατάρτιση του προϋπολογισµού και του απολογισµού ο ∆ιευθυντής επικουρείται από το διαχειριστή του Ε.Λ.Κ.Ε. που είναι αρµόδιος για το πρόγραµµα. Επίσης, ο ∆ιευθυντής του Π.Μ.Σ. εποπτεύει την εύρυθµη λειτουργία της Γραµµατείας, συγκροτεί επιτροπές για τη µελέτη ή διεκπεραίωση συγκεκριµένων θεµάτων και εγκρίνει τις δαπάνες του προγράµµατος σύµφωνα µε τον ετήσιο εγκεκριµένο από την Γ.Σ.Ε.Σ. προϋπολογισµό. Περαιτέρω, µεριµνά για την έγκαιρη λήψη των απαιτούµενων αποφάσεων συλλογικών οργάνων (Γ.Σ.Ε.Σ., Σ.Ε.Σ., κ.λπ.) και επιβλέπει την τήρηση της Υπουργικής Απόφασης που αφορά το συγκεκριμένο πρόγραµµα, των νόµων, του Οδηγού Σπουδών του προγράµµατος και του Εσωτερικού Κανονισµού του Ιδρύματος. Τέλος, υπογράφει τις συµβάσεις ανάθεσης έργου, όπου αυτό απαιτείται και έχει υποχρέωση ενηµέρωσης της Γ.Σ.Ε.Σ. και της Σ.Ε.Σ. σε κάθε θέµα της αρµοδιότητάς του.
Για την καλύτερη οργάνωση και διεξαγωγή του Π.Μ.Σ., με απόφαση της Γ.Σ.Ε.Σ. συγκροτούνται οι ακόλουθες επιτροπές:
Η Επιτροπή Επιλογής : Είναι αρμόδια για την αξιολόγηση των υποψηφίων φοιτητών & για τη σύνταξη του πίνακα κατάταξης τους.
Η Συμβουλευτική Επιτροπή : Είναι αρμόδια για την καθοδήγηση και επίβλεψη των υποψηφίων.
Η Επιτροπή Οικονομικής Διαχείρισης : Είναι αρμόδια για τη διαχείριση των εσόδων και δαπανών.
Η Επιτροπή Εσωτερικής Αξιολόγησης : Αξιολογεί τη λειτουργία του Π.Μ.Σ και εισηγείται βελτιώσεις της λειτουργίας του.
Για τη γραμματειακή υποστήριξη του Π.Μ.Σ. λειτουργεί ιδιαίτερη Γραμματεία του Π.Μ.Σ., στα πλαίσια της Γραμματείας του Τμήματος Φυσικοθεραπείας, που επιλαμβάνεται των διαφόρων θεμάτων της λειτουργίας του μεταπτυχιακού προγράμματος. Την ευθύνη της λειτουργίας την έχει ο/η γραμματέας του Τμήματος Φυσικοθεραπείας.